Một hình tròn đồng tâm tượng trưng cho trái đất, bên trong hình tròn là hình ảnh tháp Đa Bảo chùa Đại Từ Ân được xây dựng từ hình tượng tháp Đa Bảo trong kinh Pháp Hoa.
Hai bên tháp Đa Bảo là hình ảnh biểu tượng quyển sách đang mở ra tượng trưng cho Kinh sách, hai trang sách này bên phải là Pháp bên trái là Bảo. Phía dưới tháp Đa Bảo là hình ảnh tam sơn trên làn sóng nước được lấy từ hình ảnh sóng ở chân cột chùa Dạm thời Lý.
Tam sơn và sóng biển là biểu tượng quốc gia thống nhất toàn vẹn lãnh hải và đất liền. Ngoài ra Tam sơn cũng là chỉ 3 đỉnh núi của Phật giáo Việt Nam là Bắc Ninh, Bắc Giang, Vĩnh Phúc.
“Lúc bấy giờ trước Phật có tháp bằng bảy báu, cao năm trăm do – tuần, ngang rộng hai trăm năm mươi do-tuần, từ dưới đất vọt lên trụ giữa không trung, được trang nghiêm bằng đủ các vật báu, năm nghìn bao lơn, ngàn muôn phòng ốc, vô số tràng phan, chuỗi ngọc, linh báu. Bốn mặt bay mùi hương chiên đàn đầy khắp thế giới”.
Tháp Đa Bảo chùa Đại Từ Ân nơi đặt Trung tâm Tư liệu Phật giáo Việt Nam còn có một đặc sắc mà chưa nơi nào có, đó là phần chân đế tháp được xây dựng để bảo quản tượng Phật và các báu vật khác của Phật giáo. Vì vậy mà có hình tượng tháp Đa Bảo trên logo của Trung tâm.
